Sabemos que los homínidos, los chimpancés y los bonobos tenemos un antepasado en común que vivió hace entre 5 y 7 ma.

Se cree que la aparición del Gran Valle del Rift al este de África es la barrera geográfica que separó a un grupo de primates en dos regiones y provocó que sus genes no se volvieran a mezclar por millones de años.

Los antepasados de los homínidos se quedaron aislados al este del valle y los antepasados de los chimpancés y los bonobos se quedaron al oeste del valle.

Después de algún tiempo bastante largo, hace 2 ma para ser exactos, los antepasados de los actuales chimpancés y bonobos se volvieron a separar geográficamente en dos grupos cuando apareció el gran río Congo. Al sur quedaron aislados los antepasados de los bonobos y al norte los antepasados de los chimpancés.

Nunca se volvieron a mezclar y hoy son dos especies distintas.